Pinos de la Sierra Fría son afectados por la roya de los conos, que genera disminución en la productividad y calidad del germoplasma, indispensable para que la genética de los árboles permita su sobrevivencia reproductiva.
El daño por la roya de los conos (Cronartum Conigeum) se presenta en poblaciones de Pino Leiophylla, Pino Teocote, Pino Chihuahuana y esporádicamente en Pino Michocana.
De acuerdo al Diagnóstico Fitosanitario de la Vegetación en Ecosistemas Prioritarios del Estado de Aguascalientes, su infestación se considera baja o moderada, dependiendo de la zona en la que se ha identificado.
La infestación en el caso del Pino leiophyla alcanza el 20% de los ejemplares con un nivel mayor o igual a 50 árboles, cuya incidencia se observó en la barranca del Pinzón y la Barranca de Juan Francisco.
En el caso del Pino Chihuahuana, se alcanza un 10% de infestación, y en el resto de las especies su presencia es menor al 2%, sin que este hongo ponga en peligro a los ejemplares como un factor de mortalidad.
Se advierte que la baja incidencia en las especies de Pino Michoacana y Teocote está relacionada con su abundancia y distribución dentro de las regiones en las que se hizo el hallazgo por parte de la Secretaría del Medio Ambiente y la propia Comisión Nacional Forestal.
En las localidades muestreadas en el área natural protegida se encontraron diferentes niveles de daño ocasionado por el hongo de la roya de los pinos, sin que haya reporte de que la Sierra del Laurel presentara problemas fitosanitarios ocasionados por este agente biótico.
Las barrancas de Juan Francisco, Rancho San Francisco, Barranca Ojo de Agua y la Barranca del Pinzón tuvieron incidencia de daños en los ejemplares de Pino Teocote y Pino leiophylla.